Die heutige Pfarrkirche zum Heiligen Vigilius in Perdonig wurde 1799 von Hieronymus von Vintschger, entstammend aus einem Eppaner Kleinadelsgeschlecht, erbaut. Das Widum wurde mit dem Sakralraum unter einem großen steilen Spitzdach untergebracht. Ruinen auf dem sogenannten Vigiliushügel deuten auf eine Frühchristliche Kirche aus dem 6. Jahrhundert hin.

Im Jahr 1992 wurde die Kirche umgebaut und erweitert.  Das Langhaus wurde nach Süden erweitert und ein neuer Kircheneingang im Westen errichtet. Auch der Innenraum wurde gänzlich neu gestaltet. Erhalten blieb der neuromanische Altaraufbau mit Nischen für die Statuen der heiligen Mutter Anna und Maria sowie des heiligen Josef (19.Jh.) und das Altarbild mit der Marienkrönung, das aus der alten Vigiliuskirche übertragen wurde (um 1650). An der Ostwand hängt ein kleines Sandsteinrelief, das den hl. Vigilius, Bischof von Trient, mit Stab und Buch darstellt, um 1400.

Im Zuge der Restaurierungsarbeiten der Kirche von Perdonig wurde auch der angrenzende Friedhof neu angelegt und den heutigen Erfordernissen angepasst.

Notiz:
Die Kirche ist tagsüber geöffnet und lädt zur stillen Einkehr ein.
An Sonntagen wird die hl. Messe gefeiert,  mitgestaltet vom Kirchenchor Perdonig-Gaidan an Festtagen.

Perdonig ist seit 1986 eine eigenständige Pfarrei.